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加州大學圣地亞哥分校計算機科學與工程系研究生開設有以下四種學位項目，分別是：
計算機科學碩士
計算機科學博士
計算機工程碩士
計算機工程博士
該系要求申請者本科畢業(yè)，擁有計算機科學、計算機工程、電氣工程、數(shù)學或其它專業(yè)背景。非相關專業(yè)背景者需完成特定前置課程要求，如：基礎編程、離散數(shù)學、數(shù)據(jù)結構與算法、硬件與架構、系統(tǒng)與軟件、計算機理論等。據(jù)往年統(tǒng)計，該系錄取率不到10%。該系第一年為所有PhD學生提供全額獎學金，其形式主要為RA，MS學生被錄取之后，也可以申請TA獎學金。
注：該系還設有一個MAS的非全日制碩士項目，包含有四個專業(yè)：創(chuàng)業(yè)管理架構系統(tǒng)、無線嵌入式系統(tǒng)、數(shù)據(jù)科學與工程、醫(yī)療設備工程
| 排名 | 學校 | 專業(yè)（major） |
|---|---|---|
| 1 | 卡內基梅隆大學 | 計算機科學 |
| 1 | 麻省理工學院 | 計算機科學 |
| 1 | 斯坦福大學 | 計算機科學 |
| 1 | 加州大學伯克利分校 | 計算機科學 |
| 5 | 伊利諾伊大學香檳分校 | 計算機科學 |
| 6 | 康奈爾大學 | 計算機科學 |
| 6 | 華盛頓大學 | 計算機科學 |
| 8 | 佐治亞理工學院 | 計算機科學 |
| 8 | 普林斯頓大學 | 計算機科學 |
| 10 | 德克薩斯大學奧斯汀分校 | 計算機科學 |
| 11 | 加州理工學院 | 計算機科學 |
| 11 | 密歇根大學安娜堡分校 | 計算機科學 |
| 13 | 哥倫比亞大學 | 計算機科學 |
| 13 | 加州大學洛杉磯分校 | 計算機科學 |
| 13 | 威斯康星大學麥迪遜分校 | 計算機科學 |
| 16 | 哈佛大學 | 計算機科學 |
| 16 | 加州大學圣地亞哥分校 | 計算機科學 |
| 16 | 馬里蘭大學帕克分校 | 計算機科學 |
| 19 | 賓夕法尼亞大學 | 計算機科學 |
| 20 | 普渡大學西拉法葉分校 | 計算機科學 |
| 20 | 萊斯大學 | 計算機科學 |
| 20 | 麻省大學阿莫赫斯特分校 | 計算機科學 |
| 20 | 南加州大學 | 計算機科學 |
| 20 | 耶魯大學 | 計算機科學 |
| 25 | 布朗大學 | 計算機科學 |
| 25 | 杜克大學 | 計算機科學 |
| 25 | 約翰霍普金斯大學 | 計算機科學 |
| 25 | 北卡羅來納大學教堂山分校 | 計算機科學 |
| 29 | 明尼蘇達大學雙城分校 | 計算機科學 |
| 30 | 紐約大學 | 計算機科學 |
| 30 | 西北大學 | 計算機科學 |
| 30 | 俄亥俄州立大學 | 計算機科學 |
| 30 | 賓夕法尼亞州立大學 | 計算機科學 |
| 30 | 加州大學歐文分校 | 計算機科學 |
| 30 | 芝加哥大學 | 計算機科學 |
| 30 | 弗吉尼亞理工學院 | 計算機科學 |
| 37 | 弗吉尼亞大學 | 計算機科學 |
| 37 | 達特茅斯學院 | 計算機科學 |
| 37 | 羅格斯大學 | 計算機科學 |
| 40 | 加州大學戴維斯分校 | 計算機科學 |
| 40 | 加州大學圣塔芭芭拉分校 | 計算機科學 |
| 40 | 紐約州立大學石溪分校 | 計算機科學 |
| 43 | 科羅拉多大學波德分校 | 計算機科學 |
| 43 | 亞利桑那州立大學 | 計算機科學 |
| 43 | 北卡羅來納州立大學 | 計算機科學 |
| 43 | 德州農工大學 | 計算機科學 |
| 43 | 亞利桑那大學 | 計算機科學 |
| 43 | 猶他大學 | 計算機科學 |
| 49 | 波士頓大學 | 計算機科學 |
| 49 | 東北大學 | 計算機科學 |
| 49 | 佛羅里達大學 | 計算機科學 |
| 49 | 匹茲堡大學 | 計算機科學 |
| 49 | 羅切斯特大學 | 計算機科學 |
| 49 | 圣路易斯華盛頓大學 | 計算機科學 |
| 55 | 印第安納大學伯明頓分校 | 計算機科學 |
| 55 | 密歇根州立大學 | 計算機科學 |
| 55 | 倫斯勒理工學院 | 計算機科學 |
| 58 | 加州大學圣克魯茲分校 | 計算機科學 |
| 58 | 圣母大學 | 計算機科學 |
| 58 | 范德堡大學 | 計算機科學 |
| 61 | 愛荷華州立大學 | 計算機科學 |
| 61 | 紐約州立大學布法羅分校 | 計算機科學 |
| 61 | 加州大學河濱分校 | 計算機科學 |
| 64 | 伊利諾伊大學芝加哥分校 | 計算機科學 |
| 64 | 愛荷華大學 | 計算機科學 |
| 64 | 俄勒岡大學 | 計算機科學 |
| 64 | 德克薩斯大學達拉斯分校 | 計算機科學 |
| 68 | 凱斯西儲大學 | 計算機科學 |
| 68 | 喬治梅森大學 | 計算機科學 |
| 68 | 俄勒岡州立大學 | 計算機科學 |
| 68 | 羅切斯特理工學院 | 計算機科學 |
| 68 | 雪城大學 | 計算機科學 |
| 68 | 特拉華大學 | 計算機科學 |
| 68 | 威廉瑪麗學院 | 計算機科學 |
| 75 | 科羅拉多州立大學 | 計算機科學 |
| 75 | 喬治華盛頓大學 | 計算機科學 |
| 75 | 塔夫茨大學 | 計算機科學 |
| 75 | 內布拉斯加大學林肯分校 | 計算機科學 |
| 75 | 新墨西哥大學 | 計算機科學 |
| 75 | 田納西大學諾克斯維爾分校 | 計算機科學 |
| 75 | 華盛頓州立大學 | 計算機科學 |
| 82 | 克萊姆森大學 | 計算機科學 |
| 82 | 紐約城市大學研究生院和大學中心 | 計算機科學 |
| 82 | 德雷賽爾大學 | 計算機科學 |
| 82 | 埃默里大學 | 計算機科學 |
| 82 | 佛羅里達州立大學 | 計算機科學 |
| 82 | 中佛羅里達大學 | 計算機科學 |
| 82 | 康涅狄格大學 | 計算機科學 |
| 82 | 馬里蘭巴爾的摩大學 | 計算機科學 |
| 82 | 伍斯特理工學院 | 計算機科學 |
| 91 | 奧本大學 | 計算機科學 |
| 91 | 布蘭迪斯大學 | 計算機科學 |
| 91 | 楊百翰大學 | 計算機科學 |
| 91 | 科羅拉多礦業(yè)大學 | 計算機科學 |
| 91 | 伊利諾伊理工學院 | 計算機科學 |
| 91 | 新澤西理工學院 | 計算機科學 |
| 91 | 斯蒂文斯理工學院 | 計算機科學 |
| 91 | 堪薩斯大學 | 計算機科學 |
| 91 | 肯塔基大學 | 計算機科學 |
| 91 | 北卡羅來納大學夏洛特分校 | 計算機科學 |
| 91 | 德州大學阿靈頓分校 | 計算機科學 |
